Pour autant, il n'y a pas toujours matière à se réjouir de l'apparition soudaine de tels phénomènes dans nos mers, océans ou étendues d'eau douce (lacs, étangs, mares). Car si la floraison phytoplanctonique peut être, dans certains cas, le signe d'une bonne santé d'un système aquatique, la prolifération et la concentration de telles algues sur une durée trop étendue peuvent, à l'inverse, devenir une menace pour l'écosystème marin