A mon avis, il serait bien plus pratique pour toi de tout simplement organiser tes différents objets dans des dossiers et d'enregistrer les dossiers.
Parce que le jour où tu veux voir tels types d'objets, si tu dois te les ouvrir un par un, ça va te gonfler.
Sinon, apparemment l'interface de google earth ne permet pas d'avoir ce que tu veux, mais tu peux toujours te faire un petit programme qui lira ton gros fichier "lieux préférés" et les réorganiser dans différents fichiers ... un par un.
J'en ai fait un en php qui fait le contraire.