Au XVIe siècle, les marins portugais, croisant dans les eaux de la ville actuelle à la recherche de quelque épice ou bois de santal, aperçurent une avancée de terre recouverte d'une végétation luxuriante qu'ils nommèrent Cabo das Flores, le cap des fleurs. Par extension, ce cap donna son nom à la totalité de l'île qu'ils venaient d'aborder, Flores. Pour autant, les Portugais ne s'y installèrent pas avant plusieurs décennies. Ils commencèrent par s'établir dans l'archipel des Solor ainsi qu'à Ende, et ce n'est qu'à la fin du XVIe siècle que les premiers négociants originaires du pays de Camões s'implantèrent à Larantuka, bientôt suivis par les dominicains chassés de Solor par l'irruption des Néerlandais.

Dès lors, jusqu'en 1851, Larantuka fut possession portugaise. Toutefois, la tutelle de Goa, siège de la vice-royauté des Indes et, a fortiori, celle de Lisbonne, furent pendant longtemps rien moins que théoriques. Le XVIIe siècle vit en effet les positions portugaises du Sud-Est Asiatique tomber les unes après les autres sous les coups des Hollandais de la VOC et/ou des souverains locaux.

, le reflux des Portugais dans la région fit gonfler la population de Larantuka, qui accueillit nombre de réfugiés des anciens comptoirs, notamment Makassar et Malacca. Se mêlant aux premiers commerçants venus d'Europe et aux femmes issues des ethnies locales, ces réfugiés lusophones formèrent le substrat d'un groupe appelé Topasses (ou "Portugais noirs" pour les Néerlandais), métis catholiques qui s'arrogèrent le pouvoir à Larantuka.

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